流感疫苗的分法有很多種，可以依照給法、活性、價數、劑量、是否含佐劑及硫柳汞、製程等，作為分類依據。
打的 vs 噴的
注射針劑內含流感病毒的血球凝集素 ( Hemagglutinin )，鼻腔噴霧則是活性減毒病毒 ( LAIV, live attenuated influenza vaccine )，台灣並未進口。由於 2013 至 2016 年的數據顯示活性減毒流感疫苗效果不佳，美國 ACIP 已不建議使用，但英國仍繼續使用。
三價 vs 四價
這是台灣流感疫苗彼此之間最大的區別。依據 WHO 於今年三月提出的最新預測，北半球 2017-2018 年流行的流感病毒株如上列。三價的流感疫苗應包含 Type A ( H1N1 ) + Type A ( H3N2 ) + Type B ( Victoria lineage )，而四價流感疫苗則再加上第二種 Type B ( Yamagata lineage )。公費採購的是三價流感疫苗，四價疫苗一律自費接種。
劑量
標準劑量流感疫苗含有各種建議病毒株的血球凝集素抗原各 15 µg，高劑量疫苗專為老年人而設計，抗原含量是標準的四倍 ( 60 µg )，台灣並未進口。6 個月大至 3 歲兒童，使用的劑量為成人標準劑量的一半 ( 7.5 µg )，當幼兒流感疫苗缺貨時，疾管署亦允許衛生單位為幼兒接種半支成人疫苗，算是折衷方案。
添加劑
佐劑可以增強人體對疫苗抗原的免疫反應，硫柳汞 ( Thiomersal ) 則是一種防腐劑。雖然並無證據顯示加了會有害，但群眾普遍對這些添加劑帶有不安全的迷思，為了增加信心和提升施打率，台灣使用的流感疫苗目前皆不含佐劑和硫柳汞。
製程
傳統的疫苗使用雞胚培養病毒後，加以裂解純化出抗原。新一代的製造方式則使用細胞培養或基因重組 ( 台灣未引進 )，優點是雞蛋蛋白含量更低甚至沒有，不用擔心對雞蛋過敏的問題。話說回來，雖然目前疫苗仿單將雞蛋過敏列為禁忌症，但美國 CDC 的建議其實相對寬鬆，只要在專業醫療監控下，仍可接種。
