2018 年台灣爆發一名男子至泰國旅遊時感染麻疹，但仍搭乘虎航至日本沖繩旅遊，繼而引發麻疹群聚傳染。在機艙的密閉空間裡，一些由空氣或飛沫散播的疾病，都有可能導致同艙旅客的大規模感染，除了傳染性疾病，搭乘飛機和許多健康議題相關，例如氣壓與濕度造成的不適、經濟艙症候群、時差等。
傳染病
流行性感冒、肺結核、麻疹、德國麻疹、水痘、流行性腦脊髓膜炎等疾病，都有可能經由空氣和飛沫而散播，這些疾病大部份都可經由疫苗來預防。雖然台灣疾管署針對嬰幼兒進行全面疫苗接種，但是保護力會隨著時間而遞減，成人應在出國前至家庭醫學科門診諮詢，了解是否需補接種疫苗。
由於疫苗接種後需要約兩週，人體才能產生足夠的抗體和保護力，若太晚接種，或者沒有接種就搭乘飛機，仍有感染的危險。針對這些疾病的物理預防，如口罩、洗手、咳嗽或打噴嚏時摀住鼻子和嘴巴，都是不可或缺的自我保護。
氣壓
在飛行期間，飛機機艙壓力通常保持在 0.7-0.8 大氣壓的範圍內，大多數健康旅行者不會注意到任何影響。然而心肺疾病的患者，特別是需要氧氣補充設備者、腦血管疾病、貧血症的病人，會加劇潛在的不適。
此外，在相對低壓的環境，人體會有一些不舒服的反應。例如耳咽管負責中耳跟鼻咽腔之間的壓力平衡，在飛機起飛跟降落的時候，如果耳咽管沒辦法適度的發揮作用，就會覺得耳朵脹脹鼓鼓的，甚至會影響聽力，尤其是小孩子的耳咽管比較細，特別容易在這時候覺得不舒服。解決方法其實不難，可以嚼一點口香糖，或是吞口水、吃點東西，讓負責耳咽管開關的肌肉收縮，促進耳咽管通暢。
濕度
飛機上很乾。我們環境中的相對溼度大約是 70-90%，但是在飛機上只剩下 10-20%。這麼乾的環境，皮膚會失去水分，變得乾燥沒有光澤，所以保濕很重要。
此外眼睛和呼吸道黏膜太乾，也會造成不適。有些人會忘記把隱形眼鏡摘下來就坐飛機，因為軟式隱形眼鏡要吸收很多的水分，才能夠維持原本的形狀，當空氣中的水分變少了，眼角膜被吸收的水就更多了，可能會發生坐長途飛機之後，隱形眼鏡貼在眼球上，很難拿下來。
經濟艙症候群
一般商用客機，為了要盡可能提升載客量，所以把座位的前後排間距壓縮得非常窄，如果曾經在飛機座位上彎腰撿東西，就會發現幾乎一動就被前面的椅背擋住。這麼狹小的環境裡，不太能夠活動，再加上喝的水不多，血液的黏稠度變高，靜脈血比較難回流，一旦成靜脈血栓，就會造成經濟艙症候群，嚴重時會呼吸困難。
另外年齡較大（特別是 40 歲以上）、肥胖（BMI ≥ 30）、服用雌激素、懷孕、曾發生靜脈血栓、癌症、嚴重的內科疾病（如充血性心衰竭或腸炎）、剛動過手術、創傷等等，都是經濟艙症候群的危險因子。除了原本該使用的藥物之外，適度補充水分、適度離開座位活動，都能減低發生的機率。
時差
由於飛機常會飛越好幾個不同時區，當外在的時間與內在生理時鐘週期差得越多，就越容易產生時差的問題，導致失眠、疲勞、頭痛、煩躁焦慮、注意力不集中和抑鬱等負面情緒。
最自然的時差調整方式，是在旅行的一開始，就根據目的地的時間作息，可以在一上飛機，就把手錶調整到當地時間，並且儘量安排日間活動，以利用身體自然的晝夜節律調整機制，適應新的時區。
此外，有許多研究探討褪黑激素是否對時差的調整有所幫助，結果顯示應有助益，但仍不清楚是因為調整了生理時鐘，或僅僅是因為助眠的效果所帶來的幫助，也有藥物可藉由調控褪黑激素的受體，來達到助眠與改善心情的效果。是否需要服用藥物，應和醫師作充份討論。
